O microtransplante capilar está recomendado em alguns casos: Alopécias androgenéticas (herança), alopécias areatas (placas que podem aparecer em qualquer momento da vida) e alopécias por cicatriz ou queimadura.

Os microtransplantes também podem ser realizados em barbas, bigodes, para dissimular lábios leporinos, em sobrancelhas e costeletas, entre outros casos.

Os microtransplantes não são recomendados nos seguintes casos: quando não existir zona doadora sadia e vital, ou quando a alopécia for passageira, porque sua causa não é androgenética. Os microtransplantes também podem ser realizados em barbas, bigodes, para dissimular lábios leporinos, em sobrancelhas, pestanas e costeletas, entre outros casos.